新疆軍區總醫院前身為國民黨聯勤總部第60醫院，新疆和平解放后，1950年1月整編建院。歷經10多次編制調整，1986年定編為蘭州軍區烏魯木齊總醫院。2016年隸屬陸軍建制，改稱新疆軍區總醫院。醫院是一所集醫療、教學、科研、預防、保健為一體的大型綜合性三級甲等醫院，是新疆維吾爾自治區、新疆生產建設兵團以及烏魯木齊市醫療保障制度改革定點醫療單位。醫院先后被表彰為"全國百佳最受消費者信賴的醫療機構、全軍為兵服務醫德醫風滿分單位、全軍優質護理服務示范醫院、全國醫保工作先進單位"，被國務院授予"民族團結進步模范集體"榮譽稱號，在烏魯木齊"風尚之巔"年度行業評選活動中，榮獲"最受百姓信賴的公立醫院"和"年度健康行業創新企業"殊榮。在國家統計局新疆城市社會經濟調查大隊和自治區消費者協會組織的"醫生服務態度滿意率"調查活動中，連續多年名列第一。在"新疆我的家"微信平臺開展的民意調查中，被評為烏魯木齊市民最滿意的三甲醫院。

醫院以"戰備水平高、業務技能精、服務保障好、收費價格低"為建院目標，堅持"官兵滿意、百姓放心、員工幸福"的服務宗旨，秉持"真誠、精業、厚德、至善"的院訓，努力建設新疆一流醫院。

醫院是中國人民解放軍空軍軍醫大學(原第四軍醫大學)、新疆醫科大學、石河子大學醫學院的臨床教學醫院和研究生聯合培養點以及國家住院醫師規范化培訓基地。醫院展開治療床位1500余張，展開科室50余個。醫院在職員工2000余人，其中高級職稱200余人，博士、碩士200余人，80余人當選為全國、全軍學術專業委員會委員。年門診量100余萬人次，收容量5萬余人次，手術量2萬余例次。全院占地面積19.13余萬平方米，建筑面積近30.00萬平方米，醫療用房面積12.91余萬平方米，在用醫療設備近4000余臺(件、套)。其中，PET/CT、3.0核磁、雙源CT、直線加速器、四維彩超、γ刀等骨干設備，居新疆一流水平。擁有全國博士后科研工作站1個，全軍專科中心5個(全軍骨科中心、全軍臨床檢驗診斷中心、全軍睡眠障礙診療中心、全軍消化病專科中心、全軍二級醫學情報科技查新站)，軍種或原大軍區醫學專科中心9個(原蘭州軍區臨床醫學研究所中心、原蘭州軍區睡眠障礙診治中心、原蘭州軍區癲癇與功能神經外科中心、原蘭州軍區醫學影像中心、原蘭州軍區呼吸內科中心、原蘭州軍區燒傷中心、原蘭州軍區病理中心、原蘭州軍區腎臟病中心、原蘭州軍區普通外科中心)，全國全軍培訓示范基地、新疆自治區特殊環境醫學重點實驗室等20余個，近年獲得各級各類課題和科技成果百余項。

60多年暑去寒來，"軍總人"以更加昂揚的精神狀態、更加勤奮的工作、更加優良的作風，團結奮斗、銳意進取，發揚"人民軍醫愛人民、軍民團結一家親"的光榮傳統，認真履行軍隊醫院"對口支援、衛生援疆、精準扶貧"責任，實施"一對一捐資助學、先心病救治、白內障復明和人工耳蝸"等資助項目，派出100余批(次)專家醫療隊，開展"健康軍營行"、" 專家醫療隊服務基層"、"人民軍醫進社區"等送醫送藥送技術活動。出色完成了國際維和、赴巴基斯坦救災、亞歐博覽會、全國第十三屆冬季運動會和新疆維吾爾自治區成立60周年大慶等重大衛勤保障任務，努力為新疆各族軍民健康保駕護航，為實現 "新疆著名、全軍聞名、全國知名"現代化大型綜合醫院的建設目標努力奮斗。