烏魯木齊市婦幼保健院始建于1951年，2013年掛牌自治區婦幼保健院，是集預防、保健、醫療、科研、教學、培訓為一體的三級甲等婦幼保健機構,為婦女兒童提供婦幼健康服務，承擔自治區婦幼健康業務管理和技術支持工作。

婦幼保健院位于烏魯木齊解放南路344號，毗鄰二道橋商圈，占地7畝，使用面積4.5萬平方米，開放床位400張。是北京協和醫院、北京大學附屬醫院、東南大學附屬中大醫院、國家婦幼保健中心援疆對口單位。

婦幼保健院設孕產保健部、兒童保健部、婦女保健部、計劃生育技術服務部。開設產科、新生兒科、婦科、中醫婦科、生殖醫學科、人類精子庫、婦女保健科、乳腺科、兒童保健科、兒童康復科、急診科等47個業務科室，其中包括產前篩查與產前診斷、新生兒疾病篩查、新生兒重癥轉運、重癥孕產婦救治、婦科疾病診療、生殖醫學、盆底康復7個臨床中心，嬰兒艾滋病早期診斷西北區域實驗室，產前診斷重點實驗室。

目前有自治區重點專科2個，烏魯木齊市重點專科4個，培養了一批產前診斷、遺傳與優生、輔助生殖等專科人才，是全國孕產婦心身健康門診研究員實習基地、產科麻醉培訓基地、產前診斷培訓基地、中醫藥工作示范基地、眼保健示范單位，自治區宮頸病變防治進修基地、盆底康復技術培訓中心、導樂分娩培訓基地、新疆醫科大學臨床教學基地、烏魯木齊市婦產科質量控制中心。2016年獲批國家自然科學基金依托單位，2017年成為國家婦產科住院醫師規范化培訓基地。

先后榮獲 “全國百家愛嬰醫院”、“全國青年文明號”、“全國農村婦女兩癌免費檢查工作先進集體”、“ 全國婦幼健康服務先進集體”、“自治區實施婦女兒童發展綱要先進集體”等榮譽。